科学的リテラシーの正答率の推移と比較では、2003年と2006年で共通に実施された（同一）問題22題について、平均正答率は03年が59.5%、06年が60.1%であった。正答率の比較では、06年は03年より上回った問題は13問、下回った問題は8問、変わらず1問であった。そのうち5ポイント以上、上回った問題が1問、下回った問題が1問であった。
また、2000年と2006年の共通問題14題について、平均正答率は00年が65.7%であったのに対して、06年は61.5%であり、00年に比べ約4.2%低下していた。正答率の比較では、06年は00年より、上回った問題が9問、下回った問題が4問、変わらず1問だった。そのうち5ポイント以上、上回った問題が0問、下回った問題が4問だった。
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数学的リテラシーの正答率の推移と比較では、2003年と2006年で共通に実施された（同一）問題48題について、平均正答率は03年が56.1%、06年が53.4%であり、約2.7%低下していた。正答率の比較では、06年は03年より、上回った問題が8問、下回った問題が40問だった。そのうち5ポイント以上、上回った問題が1問、下回った問題が10問だった。
2003年に国際教育到達度評価学会（IEA）が行った国際数学・理科教育動向調査（TIMSS2003）[1]では、小学4年生の算数の平均得点は1995年より3点低くなったが統計上の誤差を考慮すると有意差はなかった[1]。小数第2位までのひき算「4.03?1.15」では、正答率が95年の87.3%から03年の72.3%へと15.0ポイントも下げている。